Fumiers et lisiers : risques sanitaires

De nombreux agents pathogènes responsables de maladies infectieuses ou parasitaires sont présents dans les secrétions ou les déjections animales. Les effluents d’élevage, dont les fumiers ou lisiers, sont concernés par cette situation et demandent donc la mise en place de précautions particulières lors de leur utilisation. Sont présentés ici les principaux risques. Le prochain article indiquera les précautions d’utilisation.

Une nature des risques à connaître
Pendant les périodes de stabulation, les échanges microbiens entre animaux ou entre les animaux et l’environnement sont considérablement augmentés par rapport aux périodes de pâturage. Tous les agents infectieux possédant un pouvoir pathogène n’entraînent pas automatiquement un état de maladie chez leur hôte, mais un certain nombre d’animaux seulement infectés et non-malades sont des excréteurs permanents, temporaires ou intermittents de bactéries ou de virus ; les malades sont toutefois les excréteurs les plus importants. L’excrétion des divers agents infectieux se fait par différentes voies : air expiré, lait, desquamations, suintements… ; urines et fèces sont en général particulièrement actives. De ce fait, le stockage des déjections et de l’ensemble des effluents d’élevage, c’est-à-dire outre les fèces et l’urine, les eaux de lavage des salles de traite ou des aires d’attente et les eaux de pluie ruisselantes sur les aires non couvertes de déplacement des bovins, concentrent des populations microbiennes susceptibles d’entraîner la persistance de morbidité dans le troupeau dont elles proviennent et d’être dangereuses pour d’autres troupeaux et dans certains cas pour l’homme.

Une population bactérienne conséquente
Les effluents concentrent en premier lieu les bactéries responsables des diarrhées, excrétées avec les fèces. De plus, les eaux fœtales, les sécrétions utérines et vaginales, les placentas peuvent contenir en grandes quantités les agents responsables des avortements et des infections génitales des ruminants. Enfin, des bactéries responsables de diverses infections cutanées, podales, ombilicales, rénales peuvent être évacuées vers les effluents avec les suppurations, l’urine et divers excrétats. À l’exception des formes sporulées, la durée des risques engendrés va de quelques jours à quelques mois. Mais si la relative brièveté de la survie des bactéries minimise les risques avec le temps, le fait qu’elles soient capables de provoquer des maladies chez l’homme (zoonoses) nécessite une prudence soutenue.

Une présence virale persistante des agents des diarrhées néonatales
Les virus persistent plusieurs mois dans les déjections à des concentrations élevées. Ils ne sont que faiblement touchés par les fermentations et par l’élévation de température. Cependant, au cours de l’utilisation agronomique des effluents d’élevage, seules quelques maladies virales animales peuvent être occasionnellement transmises par leurs écoulements ou par leur épandage. Ce sont essentiellement des maladies digestives : gastro-entérites dues aux entérovirus, coronavirus, rotavirus. Les maladies respiratoires, dont les agents viraux peuvent résister dans les déjections, ne sont transmises que par la contamination aérienne due aux animaux excréteurs. La résistance du virus BVD dans le milieu extérieur est faible (moins de 10 jours dans les fèces, quelques minutes sur une pince mouchette ou dans une aiguille) et l’air est contaminant sur quelques mètres.

Quelques parasites de stabulation particulièrement résistants
Par rapport aux agents infectieux, la plupart des parasites internes des bovins ne profitent pas d’un « effet stabulation » car ils dépendent pour se développer de conditions physico-chimiques qu’ils trouvent dans l’herbe (strongles) ou d’hôtes intermédiaires vivant dans les pâturages (limnées pour la grande douve, tiques pour les piroplasmes…). Toutefois, certains assurent leur recyclage par les bouses en stabulation, à condition que le relais de contamination soit direct (léchage…) et, de ce fait, qu’il ne passe pas par le lieu de stockage des effluents : c’est le cas des coccidies et cryptosporidies ou des ascaris. Si la contamination directe des prairies en parasites par les bouses des animaux qui les pâturent est plus efficace que l’épandage des effluents, les œufs ou les ookystes de certains parasites sont si résistants que leur dissémination par les effluents peut constituer la chaîne de transmission entre animaux d’une année à l’autre.

Des pathologies particulièrement à risques
En matière de diarrhées néonatales, le risque d’infection bactérienne et virale et d’infestation par les ookystes (coccidies, cryptosporidies) est élevé et durable si les excréteurs sont des malades, particulièrement les veaux (niveau d’excrétion très élevé en relation avec le faible niveau de défense immunitaire). Les virus sont très persistants dans leur environnement. La pathologie observée évolue rapidement vers un stade d’épidémie avec des veaux présentant des excrétions massives d’éléments contaminants. Au cours de la saison, on observe une augmentation du nombre de veaux malades avec augmentation de la gravité de la maladie et donc une contamination massive du milieu.
Les clostridies sont très résistantes dans le milieu extérieur. Sous leur forme de spore, elles peuvent survivre plusieurs années voire plusieurs dizaines d’années. Les maladies, les plus connues, dues aux clostridies rencontrées dans les élevages s’avèrent être les suivantes : entérotoxémies, tétanos, botulisme.
La principale caractéristique de Mycobacterium paratuberculosis, germe responsable de la paratuberculose est sa grande résistance dans le milieu extérieur, en particulier en terrain humide et acide. Le développement du germe se fait sur milieu acide. Les sols alcalins auraient un effet bactériostatique sur ce germe et ainsi réduiraient l’incidence de la maladie. La cause est mal définie, mais pourrait s ’expliquer par la richesse et la disponibilité en fer sur sol acide, élément indispensable pour la croissance de M. paratuberculosis. À l’inverse, sur sol alcalin, on observe une chélation du fer par le calcium, ce qui le rend indisponible. Les fèces ont un effet bactériostatique sur le germe et l’urine un effet bactéricide (l’urine des bovins présente un pH alcalin). Le mélange fèces plus urine (lisier) donne un milieu plus hostile au germe que les fèces seules (fumier). La persistance du germe dans les fumiers se révèle être de l’ordre de 150 jours.

Une meilleure connaissance de ses effluents pour une adaptation de sa prévention sanitaire dans son élevage
Chacun dans son élevage doit s’interroger sur le niveau de risques de contamination des effluents de son élevage. Cela va déterminer les précautions d’utilisation qui seront exposées dans le prochain article.